ChIPシーケンス

転写調整因子などのDNA結合タンパク質とDNAとの相互作用を網羅的に確認します。

サービス概要

クロマチン免疫沈降(Chromatin immunoprecipitation、略称 ChIP)は抗体を用いて特定のタンパク質に結合(相互作用)するDNA領域を回収する手法です。
クロマチン免疫沈降(ChIP)と、次世代シーケンスを組み合わせることによって、転写調節因子やクロマチン結合タンパク質とDNAの結合部位を解析することが可能です。

クロマチン免疫沈降により得られたChIP産物をシーケンスすることで得られたリード情報は、特定タンパク質の結合領域を指し示す配列情報の集合体です。リード情報をリファレンスに対してマッピングした場合、リードの集中する箇所が結合領域としてピーク状に検出されます。この領域情報、ピークコールなどの結果を納品します。

なお、タンパク質・DNAにより結合能やその力価が異なり ChIP条件(回収に最適な断片サイズなど)は一様ではないため、ChIP産物の回収まではお客様にて調製をお願いしております。ご了承ください。

実施可能なアプリケーション例

HiSeq2500, 50bp, single end,でシーケンスを行う場合には、6検体程度のサンプルをまとめてシーケンスすることが可能です。
NovaSeq6000, 150bp, paired end, 6 Gb /samplemでシーケンスを行うことも可能です。こちらの場合は、サンプル単位でご依頼に対応をします。

代表的な仕様

  • ライブラリ調製:TruSeq ChIP Library Preparation Kit
  • シーケンス条件:HiSeq2500, 50bp, single end, 6 検体/ 1 lane(シーケンス条件:NovaSeq6000, 150bp, paired end, 6 Gb /sample)
  • データ解析:マッピング、ピークコール

参考資料

関連情報

【インタビュー】 ユーザー第一/高品質/誠実に、そして大胆に。研究者と伴走する受託サービス
古くは阿波藍の産地として発展し、現在はLED発祥の地としても知られるサイエンスを育む徳島に拠点を置くアプロサイエンスグル……
【インタビュー】 タンパク質も遺伝子もお任せあれ! “受託解析総合窓口”……
日本の研究.com にて、私たちの受託サービスを取り上げて頂きました! ぜひご覧ください。