DNAメチル化は、DNA配列の変化を伴わずに、様々な生命現象の遺伝子発現や表現型に関わる制御機構です。
DNAメチル化は、CpGアイランドと呼ばれるシトシンの次にグアニンが現れるタイプの2塩基配列の部分などにメチル基が付加される化学反応であり、エピジェネティクスに深く関与しています。

このDNAのメチル化解析を、バイサルファイトシーケンスにより実施しています。
ゲノムDNAに対してバイサルファイト処理を行うと、メチル化シトシンは変換されず、非メチル化シトシンがウラシルに変換されます（シーケンス反応ではウラシルはチミンとして検出されます）。このようにメチル化シトシンが変換されないことを利用し、処理前後のシトシン／ウラシル（チミン）の配列差を見分けることで、塩基レベルでメチル化の有無や部位を精度良くゲノムワイドに解析します。

また、各塩基におけるメチル化の有無の比率をリード数から算出することで、メチル化修飾率を定量的に解析することも可能です。