次世代シーケンサーを用いて、ゲノム配列が未知の生物種（リファレンス配列の無い生物種）についてゲノムDNAのシーケンスを行い、取得した配列情報を用いて新規ゲノム構築（de novo アセンブル）を行います。ホールゲノムシーケンス(WGS)とも呼ばれます。

推定ゲノムサイズに応じて、取得するデータ量を調整します。
また、シーケンスを行うための装置やライブラリの調製法を検討することで、目的や状況に応じた対応が可能です。

メイトペアシーケンスとは、ゲノム上で 数kb (3, 5, 8, 10kb) 離れた領域を含むDNA配列（ライブラリー）を調製し、その両端をシーケンスする方法です。
ゲノムDNAを数kbpのサイズで断片化し、その断片を環状化します。この環状化DNAを再度数百bpサイズで断片化すると、環状化前に端同士（メイトペア）だった配列が繋がった断片と、内側（インサート）の配列を持つ断片が得られます。
このメイトペアの断片を回収しペアエンドシーケンスすることで、数kb 離れた配列をメイトペアリードとして得ることが可能です。
結果として、両リードが数kbの距離関係にあることを決定できます。

一般的にメイトペア解析を行う際には、同時に ショットガンシーケンス（DNAシーケンス）を実施します。
データ解析（新規ゲノム構築）を行う際に、まず、ショットガンシーケンスで得られたリードを用いて de novo アセンブル を実施してコンティグを構築します。
ここで構築した各コンティグは、どのようま位置関係にあるか不明な状態です。このコンティグ群に、メイトペアリードを当てることで、コンティグ間の位置関係や向きを整理してスキャホールドの作製が可能となります。

数十kb のロングリードの取得が可能なPacBio シーケンスを利用することで、コンティグが少なく、ギャップが生まれにくい、完全長ゲノムDNAの構築を目指す手法になります。

取得データ量の目安は、100倍程度になりますので、推定ゲノムサイズが数Mb程度のバクテリアのゲノムシーケンスでは、RSII の使用がお勧めになります。ゲノムサイズの大きい生物種になりますと、Sequel、 Sequel II の利用をお勧めしております。