PacBio Revio

PacBio Revioは、ヒトHiFiゲノムを1年間に1300サンプル解析できる能力を有しており、PacBio Sequel IIeシステムと比較して 20倍超の演算能力を持ちます。

HiFi シーケンスでは、90% の塩基が≥ Q30、リード精度の中央値が≥ Q30 という優れた精度により信頼性の高い結果が得られます。

【データ解析】
・de novo Assembly 解析
・Annotation 解析
※解析に必要な取得データ量の目安：ゲノムサイズの20倍以上

・Mapping, Variant call, Annotation 解析
・SV, CNV解析
※解析に必要な取得データ量の目安：ゲノムサイズの15倍以上

ロングリード

数十キロベースのロングリードのシーケンスは、ゲノム全体を調べ、様々な構造変化を網羅的に把握することに長けています。
また、完全長ゲノムを決定する際には、リードの短い従来法に比べ、コンティグの数を減らす（ギャップの数を減らす）ことができます。
さらに、mRNAなどの転写産物の全長を 1 リード内に収めることも可能であるため、高い精度でアイソフォーム（スプライシングバリアント）を同定することも可能となります。

高い精度

ライブラリー調製の工程で PCR 増幅を行わないため、増幅時のエラーや GCバイアスの影響を受けることなく、また、シーケンスエラーもランダムに発生するため、非常に精度の高いコンセンサス配列を得ることが可能です。
得られたロングリードのコンセンサス精度は 「99.999 ％」 を超えます。このため、de novo Assembly解析やターゲットリシーケンスに非常に効果的です。

高精度ロングリード　HiFiリード について

Circular Consensus Sequencing (CCS) を用いてHiFiリードを生成することで、取得データ量は制限を受けますが、より高精度なロングリードのデータを取得することが可能です。

高精度ロングリードである HiFi Read では、de novo Assembly解析に必要な取得データ量の目安が、ゲノムサイズの20倍以上となります。

完全長ゲノム配列の作成（全ゲノムシーケンス）

従来の次世代シーケンスで用いられる、数百塩基単位のショートリードをアセンブルして完全長ゲノムの構築を目指す方法では、多くのコンティグが作られ、たくさんのギャップ（隙間）ができていました。
それに対し、数十キロベースのロングリードを獲得できるPacBioシーケンスでは、コンティグも少なく、ギャップが生まれにくいことから、完全長ゲノム配列の作成を目指す場合に非常に有効な手段となります。

リピート配列のシーケンス

従来のショートリードをアセンブルする方法では、各リード同士が似た配列となるため、リピート領域の中の繋がり方や、リピートの数が判別しにくいため、埋まりきらない領域として残っていました。
それに対し、PacBioのロングリードであれば、リピート領域の入り口から出口までを1つのリードでカバーできるため、リピート領域全体を決定することが可能となります。

mRNAアイソフォームのリストアップ(Iso-Seq)

ショートリードをアセンブルする従来の次世代シーケンサーを用いたRNA-Seqでは、アイソフォーム（スプライシングバリアント）の判別が困難でした。
それに対し、ロングリードのPacBioシーケンスでは、1つのリードで mRNA 分子全体を網羅することができる（mRNAの全長を 1リードでシーケンスできる）ため、多様なアイソフォームが混在する場合でも、それらを区別して、特性を評価することが可能です。